Как известно, основатель монастыря сезеновский блаженный старец, затворник Иоанн окончил дни своей жизни 14 декабря (27 декабря по новому стилю) 1839 года и был погребен близ храма. В то время ему было 48 лет, из которых 22 года он прожил в затворе. Когда Иоанн умер, старица Дария послала известить о его кончине протоиерея соборной церкви Лебедяни Аристарха Козьмина. Он приехал с несколькими сопровождающими в Сезеново. Священники хотели немедленно открыть дверь кельи, но все усилия оказались напрасными. Тогда они выломали окно и через него вошли в помещение, где увидели Иоанна, скончавшегося возле аналоя на полу. Во время обмывания и одевания тела на Иоанне не было заметно никаких признаков смерти, на лице даже виднелся румянец.

Чтобы исполнить волю покойного и согласно его завещанию похоронить его в приготовленном им самим склепе, требовалось разрешение преосвященного епископа Тамбовского, до тех пор тело Иоанна нельзя было погребать. В это время тысячи людей со всей округи стекались в Сезеново на поклонение отцу и наставнику своему, с утра и до поздней ночи его келья была полна посетителями, но, несмотря на спертый в ней дух, тело Иоанна не поддавалось тлению, и многие ощущали исходящее от него благоухание.

Наконец, 12 января 1840 года, по истечении 28 дней от кончины затворника, с разрешения епархиального начальства было совершено погребение. Во время Литургии многие видели, что на лице Иоанна выступал пот. Больные вытирали его платками, прикладывали их к больным местам и получали исцеление. При проводах тела к могиле тысячи людей стремились прикоснуться к нему, и многие больные и бесноватые в этот день возвратились домой здоровыми. После смерти затворника Иоанна множество богомольцев посещают место его подвигов и упокоения, обращенное в храм Святой Троицы. И все это время останки блаженного распространяют чудодействия и исцеления на всех приходящих к нему с верою.

Напомним, что возрождение Сезёновского Иоанно-Казанского женского монастыря стаол возможным только с образованием в 2003 году Липецкой и Елецкой епархии по благословению правящего архиерея - епископа Никона (Васина). В июле 2005 года проводилась расчистка Троицкого храма и исследование мест захоронений старицы Дарии и схиигумении Евфимии. С 2006 года силами насельниц и благотворителей, среди которых главную лепту в возрождение монастыря вносили Н.И. и Ю.Н. Борцовы, генеральный директор АПК "Русское" В.А. Межевов, начались восстановительные работы в Троицком храме. 14 июня 2007 года состоялось обретение честных мощей преподобного Иоанна, в советские годы хранившихся под полом кирпичной часовни в с. Мечнянка Ефремовского района Тульской области. После совершения молебна мощи были перенесены в Задонский Рождество-Богородицкий монастырь, где были помещены в специально приготовленную раку. А 7 июля 2008 года в праздник Рождества Крестителя Господня Иоанна Предтечи состоялось возвращение мощей преподобного Иоанна Сезёновского в основанный им монастырь. Теперь каждый верующий может посетить Иоанно-Казанский монастырь в Сезёново и приложиться к святым мощам блаженных Иоанна, Дарии и Серафимы, по молитвам которых продолжается возрождение этой славной обители.